فعاليت امام در اين مدت در امور ياد شده زير خلاصه مي گردد:
1ـ عبادت و بندگي خدا، آنهم به صورتي كه در شان شخصيتي مانند علي بود، تا آنجا كه امام سجاد - عليه السلام - عبادت و تهجد عجيب خود را در برابر عبادتهاي جد بزرگوار خود، ناچيز مي داند.
2ـ تفسير قرآن و حل مشكلات بسياري از آيات، و تربيت شاگرداني مانند عبدالله بن عباس كه بزرگترين مفسر اسلام، در ميان اصحاب به شمار مي رفت.
3ـ پاسخ به پرسشهاي دانشمندان ملل جهان، بالاخص يهود و مسيحيان كه پس از در گذشت پيامبر براي تحقيق و پژوهش درباره آيين وي، رهسپار مدينه مي شدند و سئوالاتي را مطرح مي نمودند و پاسخگويي جز علي - عليه السلام -، كه تسلط او بر تورات و انجيل از خلال سخنانش روشن بود، پيدا نمي كردند و اگر اين خلا به وسيله امام پر نمي شد جامعه اسلامي در سرشكستگي شديدي فرو مي رفت، و هنگامي كه امام به كليه سئوالات آنها پاسخهاي دندان شكن مي داد، شادماني و شكفتگي عظيمي در چهره خلفا كه بر جاي پيامبر نشسته بودند، پديدار مي شد.
4ـ بيان حكم شرعي و رويدادهاي نوظهور كه در اسلام سابقه نداشت و يا قضيه چنان پيچيده بود كه قضات از داروي درباره آن ناتوان بودند. اين نقطه از نقاط حساس زندگي امام است و اگر در ميان صحابه شخصيتي مانند علي - عليه السلام - نبود كه به تصديق پيامبر گرامي داناترين امت و آشناترين آنها به موازين قضا و داوري به شمار مي رفت،بسياري از مسائل در صدر اسلام به صورت عقده لاينحل و گره كوري باقي مي ماند.
همين حوادث نوظهور ايجاب مي كرد كه پس از رحلت پيامبر گرامي، امام آگاه و معصومي بسان پيامبر كه بر تمام اصول و فروع اسلام تسلط كافي داشت، در ميان مردم باشد و علم وسيع و گسترده او، امت را از گرايشهاي نامطلوب و عمل به قياس و گمان باز دارد و اين موهبت بزرگ به تصديق تمام ياران رسول خدا ص جز امير المومنين - عليه السلام - در كسي نبود.
قسمتي از داوريهاي امام و استفاده ابتكاري و جالب وي از آيات قرآن در كتابهاي حديث و تاريخ منعكس است و بعضي از دانشمندان قسمتي از آنها را در كتاب مستقل گردآورده اند. [1]
 5ـ تربيت و پرورش گروهي كه ضمير پاك و روح آماده اي براي سير و سلوك داشتند تا در پرتو رهبري و نفوذ معنوي امام بتوانند قله هاي كمالات معنوي را فتح كنند و آنچه را كه با ديده ظاهري نمي بينند با ديده دل و چشم باطني ببينند.
6ـ كار و كوشش براي تامين زندگي بسياري از بينوايان و درماندگان، تا آنجا كه امام با دست خود باغ احداث مي كردند و قنات حفر مي نمود و آن را در راه خدا وقف مي كرد.
7ـ هنگامي كه دستگاه خلافت در مسائل سياسي و پاره اي از مشكلات با بن بست روبرو مي شد، امام يگانه مشاور مورد اعتمادي بود كه با واقع بيني خاصي مشكلات را از سر راه برمي داشت و مسير كار را معين مي كرد، و برخي از اين مشاوره ها در نهج البلاغه و نيز كتابهاي تاريخ وارد شده است.
امام و حل مشكلات علمي و سياسي خلفا
 تاريخ گواهي مي دهد كه ابوبكر و عمر در مدت خلافت خود در مسائل سياسي، معارف و عقائد،
 تفسير قرآن، فروع و احكام اسلام به امام مراجعه مي كردند و از مشاوره و راهنمايي و آگاهي امام از اصول و فروع اسلام، كاملا بهره مي بردند كه ذيلا چند نمونه از آن را كه در تاريخ ضبط شده است، از نظر خوانندگان مي گذرانيم.
جنگ با روميان
 يكي از دشمنان سرسخت حكومت جوان اسلام، امپراتوري روم بود كه پيوسته مركز حكومت
 اسلامي را از جانب شمال تهديد مي كرد و پيامبر گرامي - صل الله عليه و آله و سلم - تا آخرين لحظه زندگي خود از فكر روم غافل نبود. در سال هشتم هجرت گروهي را به فرماندهي جعفر طيار روانه كرانه هاي شام كرد، ولي سپاه اسلام با از دست دادن سه فرمانده و تعدادي از سربازان اسلام بدون اخذ نتيجه به مدينه بازگشت . براي جبران اين شكست، پيامبر گرامي در سال نهم با سپاهي گران عازم تبوك گرديد، ولي بدون آنكه با سپاه دشمن روبرو گردد، به مدينه بازگشت و اين سفر نتايج درخشاني داشت كه در تاريخ مذكور است - مع الوصف - خطر حمله روم هميشه فكر پيامبر را به خود مشغول مي داشت، به همين جهت در آخرين لحظه هاي زندگي كه در بستر بيماري افتاده بود، سپاهي از مهاجر و انصار ترتيب داد كه رهسپار كرانه هاي شام شوند. اين سپاه به عللي مدينه را ترك نگفت و پيامبر، در حالي كه سپاه اسلام، در چند كيلومتري مدينه اردو زده بود چشم از جهان فرو بست .
پس از درگذشت پيامبر، فضاي سياسي مدينه با تثبيت خلافت ابوبكر، بعد از بحران، به آرامش گراييد. ابوبكر كه زمام امور را به دست گرفته بود، در اجراي فرمان پيامبر (نبرد با روميان) كاملا دو دل بود، از اينرو با گروهي از صحابه مشاوره كرد، هر كدام نظري دادند كه او را قانع نساخت، سرانجام با امام با مشاوره پرداخت، امام او را بر اجراي دستور پيامبر تشويق كرد و افزود: اگر نبرد كني پيروز خواهي شد. خليفه از تشويق امام، خوشحال شد وگفت : فال نيكي زدي و به خير بشارت دادي .[2]
علي - عليه السلام - و مشاوره هاي سياسي خليفه دوم با وي
 امام در دوران خليفه دوم نيز مشاور مهم و گرهگشاي بسياري از مشكلات سياسي و علمي واجتماعي خيلفه بود. اينك به يك نمونه از مواردي كه خليفه دوم از فكر امام در مسائل سياسي استفاده كرده است، اشاره مي كنيم .
در سال چهار ده هجري در سرزمين قادسيه نبرد سختي ميان سپاه اسلام و نظاميان ايران رخ داد كه سرانجام فتح و پيروزي از آن مسلمانان گرديد و رستم فرخ زاد (فرمانده كل قواي ايران) با گروهي به قتل رسيد. با اين پيروزي، سراسر عراق زير پوشش نفوذ سياسي و نظامي اسلام در آمد و مدائن كه مقر حكومت سلاطين ساساني بود، در تصرف مسلمانان قرار گرفت و سران سپاه ايران به داخل كشور عقب نشني كردند.
مشاوران و سران نظامي ايران بيم آن داشتند كه سپاه اسلام كم كم پيشروي كند، و سراسر كشور را به تصرف خود در آورد. براي مقابله با چنين حمله خطرناك يزدگرد پادشاه ايران، سپاهي يكصد و پنجاه هزار نفري به فرماندهي فيروزان ترتيب داد تا جلوي هر نوع حمله ناگهاني را بگيرد و حتي در صورت مساعد بودن وضع، دست به حمله تهاجمي زند.
سعد وقاص، فرمانده كل قواي مسلمانان (و به نقلي عمار ياسر كه حكومت كوفه را در اختيار داشت) نامه اي به عمر نوشت و خليفه را از تحركهاي دشمن آگاه ساخت و افزود: سپاه كوفه، آماده اند كه نبرد را آغاز كنند و پيش از آنكه دشمن شروع به جنگ كند، آنان براي ارعاب دشمن دست به حمله زنند
 خليفه به مسجد رفت، سران صحابه را جمع كرد و آنان را از تصميم خود مبني بر اينكه مي خواهد مدينه را ترك گويد و در منطقه اي ميان بصره و كوفه فرود آيد، و از آن نقطه رهبري سپاه را به دست بگيرد، آگاه ساخت .
در اين موقع طلحه برخاست و خليفه را بر اين كار تشويق كرد و سخناني گفت كه بوي تملق و چاپلوسي بخوبي از آن استشمام مي شد.
پس از او عثمان برخاست و نه تنها خليفه را به ترك مدينه تشويق كرد، بلكه افزود: به سپاه شام و يمن بنويس كه همگي منطقه خود را ترك كنند و به تو بپيوندند و تو با اين جمع انبوه بتواني با دشمن روبرو شوي .
در اين موقع امير مومنان - عليه السلام - برخاست و فرمود:
«پيروزي و شكست اين امر (اسلام) بستگي به فزوني نيرو و كمي جمعيت نداشته است، اين دين خدا است كه آن را پيروز ساخت و سپاه اوست كه خود آن را آماده و ياري كرد تا آنكه به آنجا كه بايد برسند رسيد و به هر جا كه بايد طلوع بكند طلوع كرد، از ناحيه خداوند به ما وعده پيروزي داده شده است، و مي دانيم كه خداوند به وعده خود جامه عمل پوشانيده و سپاه خويش را ياري خواهد كرد.
موقعيت زمامدار، همچون رشته مهره ها است كه آنها را گرد آورد به هم پيوند مي دهد. اگر رشته از هم بگسلد، مهره ها پراكنده مي شوند و سپس هرگز نمي توان آنها را جمع آوري كرده و از نو نظام بخشيد.
امروز، اگر چه عرب از نظر تعداد كم است، اما نيروي اسلام فراوان، و در پرتو اجتماع و اتحاد و هماهنگي، عزيز و نيرومند است . بنابراين تو (خليفه) همچون محور سنگ آسياب، جامعه را به وسيله مسلمانان به گردش در آور، و با همكاري آنان در نبرد، آتش جنگ را براي دشمنان شعله ور ساز، زيرا اگر شخصا از اين سرزمين خارج شوي، عرب از اطراف اكناف سر از زير بار فرمانت بيرون خواهد برد، و آنگاه آنچه پشت سرگذاشته اي، مهمتر از آن خواهد بود كه در پيش رو داري .
اگر فردا چشم عجمها بر تو افتد، خواهند گفت : اين اساس و ريشه (رهبر) عرب است، اگر ريشه اين درخت را قطع كنيد، راحت مي شويد، و اين فكر، آنان را در مبارزه با تو و طمع در نابودي تو حريص تر و سرسخت تر خواهد ساخت .
اما اينكه گفتي آنان براي جنگ با مسلمانان آماده مي شوند و از اين موضوع نگراني، بدان كه خداوند بيش از تو اين كار را ناخوش دارد، و او بر تغيير آنچه نمي پسندد، تواناتر است .
واما اينكه به فزوني تعداد سربازان دشمن اشاره كردي، (بدان كه) ما، در گذشته، در نبردها، روي تعداد افراد تكيه نمي كرديم، بلكه بر ياري و كمك خداوندي حساب مي كرديم (و پيروز هم مي شديم .) »
عمر پس از شنيدن سخنان امام نظر او را پسنديد و از رفتن منصرف شد.[3]
با توجه به اين گرهگشايي ها بود كه عمر مي گفت : به خدا پناه مي برم كه مشكلي پيش بيايد و ابوالحسن (علي) براي حل آن حضور نداشته باشد.[4]
 
[1] . به عنوان نمونه مى توان از كتاب : قضاء امير الموءمنين على بن ابى طالب تاليف محقق عاليمقام شيخ محمد تقى تسترى و كتاب قضاوتهاى حضرت على بن ابى طالب تاليف سيد اسماعيل رسول زاده نام برد
[2] . ان فعلت ظفرت فقال بشرت بخير. (ابن واضح يعقوبى ، تاريخ يعقوبى ، ج 3 ص 39
[3] . ابن اثير، الكامل فى التاريخ ، بيروت (بى تا) دارصادر، ج 3 ص 8 طبرى ، محمد بن جرير، تاريخ الامم والملوك ، بيروت ، دارالقاموس الحديث ، (بى تا) ج 4 ص 237- حافظ ابن كثير، البدايه و النهايه ،الطبيه الثانيه ، بيروت ، مكتبه المعارف ، 1394ه.ق ، ج 7 ص 107
[4] . ابن حجر عسقلانى ، الاصابه فى تمييز الصحابه ، الطبعه الاولى ، بيروت ، داراحياء التراث العربى ، 1328ه.ق ، ج 2 ص 509- ابن عبدالبر، الاستيعاب فى معرفه الاصحاب ، بيروت ، داراحياء التراث العربى ، 1328ه.ق ، ج 3 ص 39 (در حاشيه الاصابه )
مهدي پيشوايي- سيره پيشوايان، ص71