يحيي بن خالد كه نگران شده بود، نزد هارون رفت و با عذرخواهي از عمل فضل، خود خواستة هارون را كه به شهادت رساندن امام بود، به دست سِندي بن شاهك انجام داد.[1] روايات چندي در اين كه يحيي بن خالد عامل به شهادت رساندن امام بوده در دست است. به نقل ابوالفرج و ديگران، او به صورت ظاهر براي كار ديگري، ولي در واقع براي به شهادت رساندن آن حضرت به بغداد رفت. اين پنهانكاري او حكايت از آن دارد كه وي بر آن نبوده تا مسؤوليت اين اقدام را بپذيرد زيرا پيش از اين دشمني خود را در جريان هشام بن حكم با امام كاظم - عليه السّلام - نشان داده بود. در اين صورت اين سخن كه او در باطن به امام اعتقاد داشته نبايد درست باشد. در روايتي از امام رضا - عليه السّلام - آمده كه به آن حضرت عرض شد: آيا يحيي بن خالد پدرتان را مسموم كرد؟ امام آن را تأييد فرمود.[2] اين مطلب در روايات ديگري نيز آمده است.[3] در اصلِ شهادت امام، بر حسب گواهي بيشتر مورّخان ترديدي وجود ندارد اما از آنجا كه شهادت امام مخفيانه صورت گرفته و حاكمان عباسي فريبكارانه به مردم اعلام كردند كه آن حضرت به مرگ طبيعي از دنيا رفته، برخي از مورخان تحت تأثير قرار گرفته و در كتابهاي خود مرگ آن حضرت را طبيعي گزارش كرده اند. برخي از اينان، خبر شهادت را با عبارت «چنين گفته شده» آورده اند.[4]
درباره كيفيت شهادت امام سه روايت مختلف نقل شده است:
1. شهادت آن حضرت در پي مسموم كردن امام صورت گرفته است. اين در روايتي از امام رضا - عليه السّلام - آمده است. همينطور در روايات ديگري كه يحيي بن خالد را به قتل آن حضرت متهم مي كند، اين نكته آمده است.
2. در نقلي آمده است كه آن حضرت را در فرشي پيچانده و چنان فشار داده اند كه حضرت به شهادت رسيده است.[5]
 3. روايت ديگر آن است كه مستوفي نقل كرده: شيعه گويند به فرمان هارون الرشيد سرب گداخته در حلق او ريختند.[6]
در اين باره روايتي كه بيش از همه شهرت دارد، مسموم ساختن امام است. پس از شهادت امام، جسد مبارك آن حضرت را به دو دليل در معرض ديد خواص اهل بغداد و عموم قرار دادند:
الف: بنا به نوشته اربلي، سِندي بن شاهك، فقها و وجوه اهل بغداد را كه هيثم بن عدي نيز در ميان آنها ديده مي شد، بر سر جسد مبارك امام آورد تا ببينند زخم و جراحت و يا آثار خفگي در بدن آن حضرت وجود ندارد و به مرگ طبيعي از دنيا رفته است.
ب: از آنجا كه برخي از شيعيان معتقد به مهدويت آن حضرت بودند و يا احتمال داشت اعتقاد به مهدويت او پيدا كنند، جسد امام را روي پل بغداد بر زمين نهادند و يحيي بن خالد دستور داد تا فرياد زنند: اين موسي بن جعفر است كه رافضه معتقدند او نمرده است، پس از آن مردم آمده و او را در حالي كه از دنيا رفته بود نگاه كردند. آنگاه جنازه را در «باب التين» بغداد در مقبره قريشي ها دفن كردند.[7]
تاريخ شهادت امام بنا به نقل شيخ صدوق 25 رجب 183 بنا به نقل شيخ مفيد 24 رجب و در نقل مستوفي، روز جمعه 14 صفر بوده است.
 
[1] . مقاتل الطالبين، ص 336.
[2] . رجال كشي، ص 503.
[3] . دلائل الامامه، ص 147.
[4] . نك: وفيات الاعيان، ج 5، ص 310؛ عمدة الطالب، ص 196.
[5] . مقاتل الطالبين، ص 336.
[6] . تاريخ گزيده، ص 204.
[7] . كشف الغمه، ج 2، ص 234.
رسول جعفريان - حيات فكري و سياسي امام شيعه (ع)، ص404